海底王国的人因不满人类的核武试爆干扰他们，因而派出梅加洛毁灭地上世界，并且控制了人造机器人喷射积格坐向导，不过人类终究夺回了喷射积格的控制权，并且通知了哥吉拉来消灭这只怪兽，没想到海底人连络了外星人，外星人派出盖刚，演变…

为了探明日本列岛一系列的异常地壳运动情况，地球物理学者田所雄介博士（小林桂树 饰）与助手幸长信彦（泷田裕介 饰）乘坐小野寺俊夫（藤冈弘 饰）驾驶的潜艇出海考察。在小笠原群岛附近的海沟处，海底莫名其妙的乱泥流令博士忧心忡忡。…