被各国分割统治的中世纪的神州·日本。在那上空中由八艘船组成的都市舰“武藏”航行着……在遥远的未来。经过了“重奏统合争乱”，并把联繫着人类的命运的“圣谱”作为原本历史的再现而执行的各国。然后，是各式各样把迷惑与决意藏于胸口…

以《最终负荷实验》为名，将Underworld全土卷入的《人界》军与暗之军势的战争。战局逐渐转变为企图夺取《光之巫女》爱丽丝的《黑暗领域》军加百列一派，与致力于守护Underworld的《人界》军亚丝娜等人之间的战争。在桐人仍然沉睡于精神世…